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Existe apenas uma espécie de hipopótamo: Hippopotamus amphibius, comumente conhecido como hipopótamo-comum ou simplesmente hipopótamo.
No entanto, existem duas subespécies:
Existe também o hipopótamo-pigmeu (Choeropsis liberiensis), que é uma espécie totalmente separada e muito menor. Encontram-se nas florestas da Libéria e Serra Leoa.
Portanto, embora existam diferentes populações e subespécies, há apenas uma verdadeira espécie de hipopótamo: Hippopotamus amphibius.