Diferenciar macho e fêmea de iguana é difícil quando os répteis são mais novos que um ano, mas uma vez que atingem a maturidade sexual, as diferenças se tornarão mais aparentes. Machos e fêmeas de iguanas diferirão em tamanho e atitude à medida que envelhecem, então é melhor tentar sexar uma iguana depois que ela atingiu a maturidade.
Espere até sua iguana ter um ano, quando os órgãos sexuais se tornam visíveis. Se você não sabe a idade da sua iguana, verifique seu comprimento. Uma iguana de um ano tem tipicamente entre 20 e 23 cm de comprimento do focinho à cloaca. A cloaca é a abertura localizada na base da cauda da iguana.
Verifique órgãos reprodutivos masculinos. A protuberância hemipenal do macho começará a ficar visível após a iguana ter um ano e está localizada na cloaca da iguana. Uma fêmea de iguana não terá protuberância em sua cloaca.
Verifique diferenças comportamentais na sua iguana após ela ter um ano. Iguanas machos podem se tornar mais agressivas à medida que envelhecem, e algumas podem se tornar incapazes de viver cooperativamente com outras iguanas. Iguanas machos começarão a balançar a cabeça para cima e para baixo mais, e podem até seguir seus donos ao redor de maneira de perseguição.
Verifique a cabeça da sua iguana. Um macho de iguana terá papadas inferiores mais maciças que as de uma fêmea. A cabeça de uma fêmea é mais esguia e estreita, enquanto a de um macho é grande e volumosa.