Como coelhos não dizem o que sentem, é importante reconhecer os tipos de doenças que contraem. Coelhos ao ar livre às vezes pegam doenças de guaxinins ou pulgas, que podem se espalhar a outros animais ou até aos donos. Outras doenças, como infecções de pele, ocorrem em muitos ambientes, independentemente do tipo de coelho.
Coelhos às vezes herdam doenças dos pais, manifestando-se cedo. Por exemplo, má oclusão é evidente aos 3 semanas, segundo Laboratório de Diagnóstico Animal da Universidade de Missouri. Caracteriza-se por dentes crescidos que exigem aparo manual a cada dois meses. Outra doença hereditária, "splay leg" (pata aberta), aparece quando ainda mamam e não conseguem puxar uma ou mais patas para o corpo. Membros subdesenvolvidos dificultam alcançar comida e água.
Doenças bacterianas ocorrem quando o coelho pega infecção do ambiente. São comuns e incluem doenças respiratórias e infecções oculares bacterianas. Ambiente úmido leva a crescimento bacteriano prejudicial, causando infecções de pele em coelhos que se arranham. A veterinária Karen L. Rosenthal, da Universidade da Pensilvânia, afirma que coelhos com doenças bacterianas tendem a formar abscessos cheios de pus para conter a infecção.
Coelhos ao ar livre são particularmente propensos a doenças parasitárias, ao serem infestados por parasitas como ácaros de ouvido ou moscas cuterebrídeos. Coelhos afetados coçam-se para aliviar coceira e livrar-se dos parasitas. Lares com outros animais devem vigiar pulgas e carrapatos que passam facilmente de um pet para o coelho ou vice-versa. Parasitas internos também causam estragos quando o coelho bebe ou come de fonte infectada. Alguns não causam sintomas visíveis, outros danificam órgãos, segundo "Doenças e Parasitas de Coelhos Domésticos" da Extensão da Universidade Estadual de Oregon.
Doenças zoonóticas são contraídas de outros animais ou até humanos, segundo "Preocupações de Saúde ao Trabalhar com Vida Selvagem" da Sociedade Humana da Universidade de Minnesota. Incluem doença de Lyme e Salmonelose (bacteriana), transmitidas por picadas de pulgas/carrapatos ou contato com animal infectado. Embora improvável em coelhos que vivem dentro de casa, os que andam no quintal ou têm gaiola externa estão em risco. Coelhos com essas doenças devem ser manipulados com luvas e cuidado especial, pois podem transmitir a humanos.