Ratos vêm em variedade de cores, do albino padrão de laboratório ao marrom ou preto selvagem ou "hoodie" de pet shop. Porém, existem muitas cores menos comuns, incluindo fawn, azul e vison. Estas cores resultam de criação cuidadosa, e dificilmente aparecem aleatoriamente. Ratos de cores incomuns agem como primos comuns, mas normalmente só disponíveis de criadores especializados.
Ratos chocolate têm pelo marrom escuro uniforme sem ticking, distinguindo-os da coloração selvagem marrom "agouti". Olhos normalmente pretos, mas genes diluídos clareiam para cacau e produzem olhos rubi em alguns. Ratos cacau também marrom uniforme, mas tom mais claro. Chocolate e cacau produzidos por gene b/b. Segundo Spoiled Ratten Rattery, quando chocolate combina com azul, resulta em "lilás clássico" — similar ao lilás de vison americano, mas cor pomba rosada com olhos rubi escuros ou pretos.
Conhecido como topázio no Reino Unido e Austrália, esta cor derivada de agouti vem de mutação diluída vermelha (r/r). Estes ratos são dourados a alaranjados com olhos vermelhos e barriga/subpelo azul-acinzentado. Cor relacionada, âmbar, produz rato fawn dourado com olhos vermelhos e barriga creme. Em ratos non-agouti, mutação fawn produz pelagem bege. Esta cor mais comum em pet shops que fawn.
Ratos vison são non-agouti com pelagem marrom-acinzentada e leve tom azulado. Olhos pretos. Variação mais clara desta mutação genética chamada lilás. Este rato é mais claro e tem tons rosados. Mutação separada causa vison australiano. Pelagem similar, marrom prateado, variando de azulado a cinza quente. Ratos vison australianos frequentemente têm pelo silvered com pontas brancas. Quando mutação vison aparece em ratos agouti, resulta em canela: rato ruivo quente com pelos de guarda mais escuros e ticking avermelhado.
Ratos azuis são na verdade azul-acinzentados, similar a gatos Russian Blue. Alguns são azul-ardósia escuro, outros prateados claros. Azuis claros geralmente têm olhos rubi. Apesar de aparência similar, dois principais tipos — Russian blue e American blue — são causados por mutações genéticas diferentes. Russian blue são ratos pretos com mutação diluída d/d, enquanto American blue têm mutação diluída g/g. American blue combina com vison para produzir rato extremamente pálido com olhos rubi, também chamado rato platina. Russian blue combina com agouti para produzir rato ticked azulado com olhos pretos e barriga prateada.