Perda e fragmentação de habitat
- O rato-lanoso alpino ocupa um tipo específico de habitat, ou seja, florestas alpinas e subalpinas. Estes habitats estão a desaparecer rapidamente devido a vários factores, como a desflorestação e as alterações climáticas.
Introdução de predadores não nativos
- A introdução de predadores não-nativos, como gatos selvagens, cães e doninhas, colocou imensa pressão sobre a população.
Doença
- Os ratos são altamente susceptíveis a doenças e a introdução de novas doenças pode espalhar-se rapidamente pela população, levando ao declínio populacional.
Caça
- O rato-lanoso alpino é caçado pela sua pele e carne, reduzindo ainda mais o seu número populacional.