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Águias-carecas podem morrer de doenças como gripe aviária, vírus do Nilo Ocidental e envenenamento por chumbo. Ovos e filhotes podem ser predados por corujas-orelhudas e águias-reais. Adultos raramente são predados mas podem ser mortos por predadores maiores. Colisões com linhas de energia e turbinas eólicas, bem como caça, armadilhamento e destruição de habitat por humanos, também matam águias-carecas.