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As águias, como todos os outros organismos vivos, passam pelo processo de excreção da vida para impedir o acúmulo de resíduos metabólicos em seus corpos. Excreção é o processo biológico pelo qual os resíduos metabólicos são eliminados do corpo.
Nas águias, os principais órgãos excretores são os rins. Os rins desempenham um papel vital na filtragem de substâncias residuais, como uréia e creatinina, da corrente sanguínea. Esses resíduos são transportados para a cloaca, que é uma câmara comum para os sistemas digestivos, urinários e reprodutivos. A partir da cloaca, os resíduos são eliminados do corpo na forma de urina.
Além dos rins, o fígado também desempenha um papel significativo na desintoxicação e eliminação de resíduos metabólicos nas águias. O fígado converte substâncias tóxicas em formas menos prejudiciais, que podem ser excretadas com mais eficiência. O fígado também desempenha um papel na produção de bile, o que ajuda a digerir gorduras e eliminar os resíduos através das fezes.