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Águias-calvas, como todos os organismos, usam o processo vital de excreção para evitar o acúmulo de resíduos metabólicos. A excreção remove produtos residuais do corpo.
Os rins filtram ureia e creatinina da corrente sanguínea, enviando resíduos para a cloaca para eliminação como urina. O fígado também desintoxica substâncias nocivas e produz bile, ajudando a eliminar resíduos pelas fezes.