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Morcegos e aves não são parentes próximos. Ambos são vertebrados e amniotas, mas além disso, são bastante distintos.
Aves estão na classe Aves, caracterizadas por penas, bicos e asas. Morcegos estão na ordem Chiroptera dentro da classe Mammalia e são os únicos mamíferos capazes de voo ativo.
Morcegos e aves compartilham ancestral comum distante chamado Sinapsida, que existiu há cerca de 300 milhões de anos. Deste ancestral, dois ramos divergiram: sinapsídeos (evoluíram para mamíferos) e sauropsídeos (deram origem a répteis e aves).
Ao longo de milhões de anos, morcegos e aves evoluíram diferenças significativas em anatomia, fisiologia e comportamento. Voo evoluiu independentemente (evolução convergente).