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Os habitats naturais do fragata são regiões costeiras e pelágicas de oceanos subtropicais e tropicais. Escolhem locais de reprodução em ilhas isoladas ou regiões costeiras com manguezais. Segundo o site da Greenpeace, os fragatas dependem das árvores de mangue para abrigo e alimento. Sua distribuição de habitat é descrita como marinha pantropical, significando viver perto do Equador.
O fragata magnífico faz seu lar ao longo das costas das Américas e no Caribe. A população de fragatas magníficos nas Ilhas Galápagos é "considerada uma subespécie endêmica", segundo o site Animal Corner. Lá, vive junto com o fragata grande. O fragata magnífico também vive em regiões costeiras da Flórida durante a estação de reprodução. São encontrados durante a não-estação de reprodução da Flórida costeira até a Carolina do Norte e até o Texas a oeste.
O fragata grande tem uma distribuição global maior que o fragata magnífico. Vive em vários habitats ao longo dos oceanos Índico e Pacífico tropicais. Uma de suas grandes populações está na Ilha Leste no Refúgio Nacional de Vida Selvagem do Atol Midway, com 878 pares observados em 2006, segundo o site do Serviço de Pesca e Vida Selvagem dos EUA.
As Galápagos são ilhas vulcânicas. Segundo o site das Ilhas Galápagos, animais e plantas viajaram 1.000 km da América do Sul para habitar as ilhas. A distância entre as ilhas deixou as espécies evoluindo separadamente. Fragatas podem ser encontradas em Floreana, Isabela, Genovesa e Seymour Norte. Também favorecem o lago de água doce El Junco na Ilha San Cristóbal. Fragatas magníficos são vistos mais no ar que fragatas grandes, enquanto fragatas grandes frequentemente forrageiam em mares abertos.
Muitas espécies de aves se reproduzem entre fragatas. Estas espécies incluem corvos-marinhos, pardelas, petréis, pelicanos, trinta-réis e noddis, gaivotas e o atapema-de-pés-vermelhos. Fragatas voam muito bem com controle excepcional devido às suas asas longas e peso corporal proporcionalmente pequeno. Isso facilita roubar presas de outras aves. Seguram as penas da cauda de outras aves, sacodem-nas e pegam a comida quando é regurgitada.