Wisconsin perdeu várias espécies, incluindo:
- Salamandra-gigante-do-leste (Cryptobranchus alleganiensis alleganiensis): Salamandra agora considerada extinta localmente devido a perda de habitat e poluição.
- Pombo-passageiro (Ectopistes migratorius): Antes comum em Wisconsin, levado à extinção no final de 1800 por caça excessiva e perda de habitat.
- Alca-gigante (Pinguinus impennis): Ave mergulhadora não-voadora caçada até extinção em meados de 1800 por penas e carne.
- Maçarico-esquimó (Numenius borealis): Maçarico caçado até extinção no final de 1800.
- Periquito-da-Carolina (Conuropsis carolinensis): Ave colorida caçada até extinção no início de 1900.
- Puma-do-leste (Puma concolor couguar): Extinto localmente no início de 1900 por caça e perda de habitat.
- Boi-almiscarado-das-florestas (Symbos cavifrons): Espécie de megafauna do Pleistoceno extinta há cerca de 10.000 anos.
- Bisão-do-Pleistoceno (Bison antiquus): Maior bisão conhecido, extinto há cerca de 10.000 anos.
- Mastodonte (Mammut americanum): Mamífero icônico da Era do Gelo extinto há cerca de 10.000 anos.
- Mamute-lanudo (Mammuthus primigenius): Espécie da Era do Gelo extinta há cerca de 10.000 anos.