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Quase todas plantas aquáticas removem nitratos (nutrientes de resíduos/decomposição) da água. Previne florações de algas que amam nitrato.
Plantas produzem O₂ na fotossíntese. Oxigênio constante é crucial para peixes e invertebrados.
Muitas plantas absorvem amônia dissolvida da água.
Algumas plantas de zonas úmidas (taboa, junco) podem remover metais pesados. Para evitar recontaminação, plantas maduras devem ser removidas e destinadas a aterro tóxico.
Plantas aquáticas podem ser usadas mais amplamente em tratamento municipal de água. Um dos poucos métodos confiáveis para remover poluentes nitrogenados de efluentes.