Ameaça primária: captura acidental em redes de pesca. Aumento da pesca no rio Yangtze elevou probabilidade de captura, dada a população reduzida e área limitada da espécie.
Yangtze é um dos rios mais poluídos do mundo. Poluentes (metais pesados, pesticidas, fármacos) causam câncer, problemas reprodutivos, disfunção imune. Barragens e obras hidráulicas também degradam habitat.
Embora governo chinês tenha proibido caça ao baiji, caça ilegal persiste. Caçados para carne (delicácia em algumas áreas) e óleo (medicina tradicional chinesa).
Efeito cumulativo causou declínio rápido. Anos 1980: ~400 baijis. Fim dos anos 2000: apenas 18. Em 2016, declarado funcionalmente extinto, sem avistamentos confirmados desde 2002.