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Muitas espécies de cavalo-marinho pigmeu, com pouco menos de 2,5 cm de tamanho, passaram despercebidas por anos graças ao ambiente onde vive e sua astuta capacidade de se esconder nele. Usando camuflagem notável, o cavalo-marinho pigmeu se mistura com seu ambiente, adaptando-se à cor e forma de recifes de coral de tal forma que se torna quase invisível.
O cavalo-marinho pigmeu precisa de corais ou leques-do-mar para se esconder de predadores. Essa minúscula criatura é quase inteiramente dependente de viver em tal ambiente. Usando sua cauda minúscula, o cavalo-marinho pigmeu se fixa ao coral ou leque-do-mar, misturando-se magistralmente com seu habitat. A coloração dos cavalos-marinhos pigmeus é surpreendentemente variada, do laranja brilhante ao rosa, com pontos brancos a um azul cintilante.
O cavalo-marinho pigmeu é tipicamente encontrado em profundidades entre 24 a 40 metros, onde há frequentemente fortes correntes subaquáticas, dificultando o estudo dessas criaturas. Em artigo intitulado "Plight of the Pygmy Seahorse", a jornalista Choo Chee Kuang escreve que empresários inescrupulosos moveram os minúsculos cavalos-marinhos para profundidades mais rasas, até 18 metros, para atrair negócios a resorts de mergulho. Mas as criaturas podem se adaptar; em 2011 cientistas descobriram uma rara espécie de cavalo-marinho pigmeu pela primeira vez em águas australianas — a uma profundidade chocante de 102 metros, onde há pouca luz.
Águas rasas e quentes, como as encontradas no Pacífico Ocidental, são onde a maioria dos cavalos-marinhos pigmeus foi descoberta, em áreas do Sul do Japão ao Norte da Austrália. Surpreendentemente, mergulhadores recreativos e não cientistas são quem descobre novas espécies. O "cavalo-marinho Walea", nomeado após uma ilha em Sulawesi Central, Indonésia, foi encontrado por mergulhadores e fotógrafos subaquáticos, e o "Cavalo-Marinho Pigmeu de Severns", nomeado em homenagem ao mergulhador Mike Severns, também foi descoberto em 2008 por mergulhadores que depois tiveram cientistas verificando suas descobertas.
Uma vez que um cavalo-marinho pigmeu nasce de seu pai, está por conta própria e não se afasta muito de onde veio ao mundo. De fato, devido ao tamanho minúsculo do cavalo-marinho, sua incapacidade de nadar bem e sua necessidade de permanecer fixado ao ambiente de recife de coral onde nasceu, esses cavalos-marinhos vivem em pequenos grupos de até 20 adultos. O ambiente no qual nasceu será onde passará toda sua vida, de jovem a adulto reprodutor.