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Amônia é subproduto tóxico de resíduos de peixes, excesso de alimento e decomposição de matéria vegetal. É transformada por bactérias em forma menos nociva de nitrogênio utilizável por plantas para crescimento. Em níveis altos, pode desequilibrar pH da água e levar à morte dos peixes.
Problemas de amônia ocorrem quando ciclo do nitrogênio está desequilibrado. Vários tipos de bactérias benéficas transformam amônia em nitrito, então nitrito em nitrato, que é muito menos tóxico para peixes.
Forma mais tóxica de amônia é maior quando pH da água é maior, acima de pH 8,0.
Picos de amônia ocorrem frequentemente logo após morte de floração de algas, quando células mortas afundam no fundo e apodrecem.
Exposição a pequenas quantidades de amônia por períodos prolongados leva a crescimento ruim e suscetibilidade a infecções fúngicas e bacterianas. Níveis altos são letais.
pH muito baixo causa acidose, que leva à morte. Muito alto é alcalose e também terminal. A maioria dos peixes prefere neutro em torno de 7,0.