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O filtro biológico de um aquário não é um filtro físico. As bactérias que consomem resíduos dos peixes — e os convertem em produtos químicos menos tóxicos — constituem o filtro biológico de um aquário. Geralmente leva de duas a quatro semanas para estabelecer tal filtro, mas isso varia amplamente com base em vários fatores.
O processo de estabelecer o filtro biológico de um tanque de peixes é chamado de "ciclar" um aquário. Isso normalmente leva cerca de duas a quatro semanas sob condições normais. Neste processo, você adiciona alguns peixes, então mede amônia e nitrito. Quando os níveis de cada um chegam a zero, você faz uma troca parcial de 25% da água, adiciona mais alguns peixes e repete até estocar totalmente seu tanque. Como este processo gira em torno de seres vivos, nem sempre segue um cronograma perfeito e pode ser influenciado por coisas como número de peixes, tamanho do tanque e química da água.
Você também pode estabelecer um filtro biológico através de um processo chamado "ciclagem sem peixes". Neste processo, você usa amônia doméstica para iniciar o processo de ciclagem em vez de peixes. Adicione amônia sem perfume e sem espuma até que os níveis de amônia no tanque atinjam 5 ppm. Então adicione a mesma quantidade de amônia por dia até que os níveis de amônia e nitrito cheguem a 0 ppm após menos de 12 horas. Então faça uma troca de 25% da água e adicione todos os seus peixes de uma vez. Isso leva a mesma quantidade de tempo que ciclar um aquário da maneira tradicional, mas você pode adicionar todos os seus peixes como um grupo.
Na ciclagem silenciosa, você usa plantas em aquários de água doce — ou rocha viva em tanques de água salgada — para acelerar o processo de ciclagem e suavizar as curvas de amônia. Você ainda segue o mesmo procedimento da ciclagem tradicional, mas inclui plantas ou rocha viva para ajudar a absorver amônia e nitrito. Isso resulta em um ciclo muito mais rápido, tipicamente mais próximo do final da faixa de duas semanas. Este processo não só é mais rápido, mas não tem os picos agudos de amônia associados à ciclagem tradicional.
Qualquer método que você use para estabelecer seu filtro biológico, pode usar vários truques para acelerar o processo. As bactérias que realizam este processo prosperam em aquários com pH alcalino. Então, desde que seus peixes aguentem, tente manter o pH acima de 7. Estas bactérias também preferem água com temperatura tropical entre 25,5 e 27,8°C (78-82°F). A melhor maneira de acelerar o processo é adicionar cascalho ou outras decorações de um aquário que já tenha sua filtração biológica estabelecida.