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Amônia é um "assassino invisível", segundo o Fish Channel. Seu único nível aceitável em tanques é zero. Ela entra por três métodos. Sua fonte menos provável é água da torneira tratada inadequadamente. Matéria orgânica em decomposição, como peixes mortos ou muita comida de peixe, causam elevação dos níveis de amônia. Como a amônia é excretada pelas brânquias dos peixes, aquários superlotados facilitam altos níveis de amônia. Como a amônia é incolor e solúvel em água, tanques claros e brilhantes não indicam ambientes livres de amônia.
Filtração, ou o sistema de filtro, é o meio do tanque de remover (eliminar) amônia. Se a filtração é limitada, por exemplo com um filtro subdimensionado, a amônia acumula rapidamente. O período clássico para acumulação de amônia é quando um tanque, seus peixes e sistema de filtro são novos. Isso é conhecido como "Síndrome do Tanque Novo" e pode ser evitado pela adição gradual de peixes e testes frequentes de água enquanto constrói o tanque para capacidade segura. Quando a amônia definitivamente não é causada pela "Síndrome do Tanque Novo", filtros devem ser verificados por bloqueios, fluxo reduzido e excesso de detritos.
Amônia existe em duas formas, amônia livre ou não ionizada (NH3) e amônia ionizada, chamada amônio (NH4). Amônio é menos tóxico, mas ainda uma grande preocupação. A proporção de tóxico para menos tóxico depende do nível de pH e temperatura da água. Quanto maior o pH e a temperatura, maior a proporção de amônia não ionizada altamente tóxica. Segundo o Fish Channel, um pH de 8 a amônia é 10 vezes mais tóxica que pH de 7. A 20 graus Celsius, é cinco vezes mais tóxica que a 0 graus. Amônia é 30% menos tóxica em aquários marinhos (água salgada), mas mesmo assim, o único nível aceitável é zero.
Embora amônio (NH4) seja a forma menos tóxica de amônia, pode levar a outro problema sério — nitrito. Quando amônio se mistura com água, bactérias benéficas podem convertê-lo em nitrito (NO2). Como amônia, nitrito é tóxico e prejudicial aos peixes. Causa estresse severo, problemas respiratórios e sistemas imunológicos enfraquecidos, levando a maior suscetibilidade a doenças e morte. Embora amônio facilite nitrito, testes independentes devem ser conduzidos para cada um.
Amônia é um irritante tecidual, causando problemas sérios nos peixes como hiperplasia. Listras vermelhas aparecem em suas brânquias ou em outros lugares de seus corpos. Suas brânquias ficam vermelhas ou roxas e tecidos das brânquias inflamam e hemorragem, causando filamentos delicados a engrossar e aglomerar. Isso reduz suas habilidades de absorver oxigênio e excretar amônia. Este é um problema sério já que 90% de toda amônia é excretada de suas brânquias. Peixes afetados exibem gasping pronunciado, geralmente na superfície da água. Sinais adicionais de envenenamento por amônia, também chamado estresse por amônia, incluem letargia, perda de apetite, pairando no fundo do tanque (especialmente para peixes de superfície), e olhos ou ânus inflamados.