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Trutas respiram através de suas brânquias, órgãos altamente especializados projetados para extrair oxigênio dissolvido da água. Localizadas em ambos os lados da cabeça da truta, as brânquias consistem em filamentos finos e penugentos cobertos por minúsculos vasos sanguíneos.
Enquanto a truta nada, ela puxa água pela boca e a força sobre os filamentos branquiais. O oxigênio da água difunde-se para os vasos sanguíneos, enquanto o dióxido de carbono é expelido pelas fendas branquiais. Este processo é notavelmente eficiente, permitindo que trutas extraiam oxigênio mesmo de riachos frios e de correnteza rápida, onde os níveis de oxigênio podem flutuar.
Sem esse fluxo constante de água sobre as brânquias, as trutas não podem sobreviver, razão pela qual a qualidade da água e o fluxo do riacho são tão críticos para sua saúde.