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Os tubarões-baleia encontram-se em águas quentes, tropicais e subtropicais em todo o mundo. Preferem áreas com altas concentrações de plâncton, a sua principal fonte de alimento.
Locais frequentes incluem o Golfo do México em torno da Península de Yucatán, o Oceano Índico perto das Seychelles, Maldivas e Sri Lanka, o Oceano Pacífico nas Filipinas, Indonésia e Ilhas Galápagos, o Oceano Atlântico ao largo da África Ocidental e no Mar do Caribe, e o Mar Vermelho perto do Egito.
A sua distribuição é influenciada pela temperatura da água, abundância de plâncton e locais de reprodução.