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Os bagres-cabeça-chata marrons geralmente comem uma mistura de fontes de alimento vegetal, animal e detrítico. Exemplos de seres vivos que bagres-cabeça-chata marrons comem incluem moluscos, sanguessugas, insetos, algas, efêmeras e sapos. Detrítico é o adjetivo para detrito, termo usado para partículas de rocha produzidas via erosão e intemperismo.
O modo de habitat impacta grandemente a dieta dos bagres-cabeça-chata marrons, pois eles comem qualquer coisa que possam enfiar na boca. Por exemplo, bagres-cabeça-chata marrons vivendo próximos a despejos de esgoto provavelmente consumirão grandes quantidades de esgoto.
Os bagres-cabeça-chata marrons são alimentadores de fundo, o que significa que se alimentam no fundo ou próximo ao fundo de corpos d'água. Geralmente comem à noite — viajando em grupos, às vezes empregando uma hierarquia baseada no tamanho; e usando seus barbilhões equipados com botões gustativos para buscar alimento.
Bagres-cabeça-chata marrons mais jovens tendem a ser comedores mais seletivos, tendendo a se alimentar de larvas — basicamente, animais ou insetos que ainda não estão na forma adulta — e pequenos crustáceos.
Segundo um relatório da Agência de Proteção Ambiental dos EUA, bagres-cabeça-chata marrons comem cerca de 13 vezes seu peso corporal por ano.