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Os pinguins-de-crista vivem perto do oceano em rochas e penhascos rochosos. Reproduzem-se em praias, entre ilhas flutuantes e em encostas rochosas. Sua distribuição estende-se da Península Antártica ao sub-Antártico.
Segundo o Centro para Diversidade Biológica, existem pelo menos 50 locais de reprodução conhecidos em todos os oceanos Índico sul e Atlântico Sul em ilhas sub-antárticas. Um único local de reprodução é conhecido na Península Antártica. Os pinguins-de-crista constroem ninhos que são tocas rasas e forram-nos com grama. Mais se sabe sobre o habitat de reprodução do pinguim-de-crista do que sobre seus paradeiros durante a não-estação de reprodução. Fazem seu lar no oceano aberto.
Durante a não-estação de reprodução, os pinguins-de-crista são menos propensos a serem encontrados perto da terra e tendem a migrar. Grupos de pinguins-de-crista variam até as ilhas da Nova Zelândia, Austrália, Tristan da Cunha, sul do Brasil e África do Sul quando estão forrageando.
Os pinguins-de-crista comem crustáceos, lulas e peixes pequenos, mas sua principal fonte de alimento é krill. Consomem mais vida marinha anualmente que qualquer outra espécie de ave marinha. Mergulham de 15 a 70 metros de profundidade quando se alimentam e ficam submersos por cerca de dois a três minutos. Alguns pinguins-de-crista foram observados mergulhando até 100 metros de profundidade.
Orcas e leões-marinhos são predadores dos pinguins-de-crista. Skuas, gaivotas e várias aves marinhas alimentam-se de ovos e filhotes de pinguins-de-crista.
O aquecimento global está criando um aumento nas temperaturas da superfície do mar, afastando presas das áreas costeiras onde os pinguins-de-crista tendem a se reproduzir. Outras ameaças à sua sobrevivência são poluição por óleo e pesca. Sua população declinou devido à predação por mamíferos terrestres. O turismo também está criando um problema para os pinguins-de-crista e ameaçando seu habitat natural. Os pinguins-de-crista estão listados como espécie vulnerável na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da União Internacional para Conservação da Natureza (IUCN).