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Se questiona se é apropriado cruzar irmãos Chihuahuas da mesma ninhada, considere seu objetivo. Criadores profissionais às vezes trabalham para transferir traços específicos por endogamia. Deve estar ciente dos riscos da endogamia e saber quantas vezes irmãos já foram cruzados antes de permitir acasalamento.
Primeiro, entenda e distancie-se do tabu social e perturbação emocional que pode sentir associando endogamia em humanos. Como seu cão é animal, endogamia tem pouco contexto social para ele. Claro, a maioria das ninhadas é separada/vendida, e donos tendem a castrar/esterilizar pets, então cruzar não é questão. Mas se ninhada fosse mantida intacta e socializada junto, haveria poucas formas de evitar acasalamento entre eles. Animais agem por instinto biológico e não se veem como família como você vê.
Maior problema da endogamia, removido contexto social, é papel da genética. Dois Chihuahuas da mesma ninhada carregam genética similar. Se cruzados, passarão similaridade à prole. Não é tática incomum para criadores profissionais. Criador pode cruzar dois irmãos quando cada um apresenta traços desejáveis: orelhas naturalmente eretas, tamanho pequeno (teacup), pelagem longa. Se feito em 1ª geração, geralmente sem efeitos adversos no cão.
Se criador cruza continuamente irmãos em gerações subsequentes para ganhar traços desejáveis, aumenta chances de força genética diminuir. Enquanto traços desejados continuam presentes, novos podem surgir por endogamia contínua. Em Chihuahuas: problemas de visão, densidade óssea ruim e risco de fratura, mau temperamento e dificuldade de treino podem surgir.
Com endogamia contínua, traços desejados podem desaparecer. É possível "criar para fora" os traços, pois transferência genética não se fortalece nem mantém a cada cruzamento. Na verdade, cada cruzamento cria mutação sutil. Pode não ser perceptível/problemático no início. Ex: orelhas Chihuahua preferidas eretas e naturalmente cortadas. Alguns cães apresentam na maturidade uma ereta e outra caída. Acredita-se resultado de mutação genética simples por práticas de criação.