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Cães de raça pura vêm de um pool genético muito mais limitado que mestiços, cruzados ou cães de reprodução aleatória. Geralmente são cruzados apenas com cães da mesma raça. Este pool genético limitado pode realçar muitas características indesejáveis nos filhotes, pois as chances de ambos os pais carregarem genes mutados ou recessivos são altas. Genes mutados e recessivos tendem a conter problemas de saúde, embora não se saiba exatamente como.
Os efeitos prejudiciais mais óbvios são problemas de saúde causados diretamente pela forma exagerada de uma raça. Por exemplo, o Cavalier King Charles Spaniel frequentemente desenvolve crânio muito pequeno para seu cérebro. Pugs, Pequinês, Boston Terriers e outros cães braquicefálicos (focinho achatado) têm dificuldade para respirar porque narinas e vias aéreas são muito pequenas. Dachshunds e cães com costas longas e pernas curtas frequentemente têm problemas na coluna devido às vértebras longas.
Muitas doenças ou condições médicas graves não se desenvolvem até após o filhote de raça pura ir para casa. São transmitidas geneticamente. Doenças com forte componente genético incluem epilepsia, atrofia progressiva de retina e displasia de quadril. Algumas são incomuns mas não letais, como síndrome do Doberman azul ou alopecia mutante de cor, onde cães de coloração azul ou fulva (Dobermans, Greyhounds italianos, Setters irlandeses) perdem o pelo. Alguns criadores tentam remover esses traços herdados simplesmente castrando cães com problemas. Existe grupo nacional, Orthopedic Foundation for Animals, que certifica cães livres de certas condições hereditárias como displasia de quadril.
Cães de raça pura eram frequentemente criados para função específica, como pastorear gado ou brigar com outros cães. Estes traços não foram eliminados ao longo das gerações. Se cão foi criado para brigar (qualquer raça buldogue), podem precisar de supervisão perto de outros cães. Cães de pastoreio e caça foram criados para estar ativos o dia todo, precisam de muito exercício ou podem ter tendências travessas. Cães de pastoreio em particular reunirão pessoas ou crianças de forma autoritária ou ameaçadora, pois é para isso que foram criados.