A etnobotânica tem alguns inconvenientes:
- Informação incompleta ou imprecisa: tradições orais podem se distorcer ou perder com o tempo.
- Sensibilidade cultural e exploração: pesquisa pode ocorrer sem consentimento adequado da comunidade ou repartição de benefícios.
- Escopo limitado: achados de comunidades específicas podem não generalizar para outras regiões.
- Desafios de conservação: práticas irresponsáveis podem levar à colheita excessiva de plantas.
- Considerações éticas: questões sobre consentimento informado, propriedade intelectual e repartição de benefícios devem ser geridas cuidadosamente.
Apesar desses desafios, a etnobotânica permanece valiosa quando abordada etica e respeitosamente.