Amonites desapareceram durante o evento de extinção Cretáceo-Paleogeno, aproximadamente 66 milhões de anos atrás. Esta extinção em massa também eliminou dinossauros não-aviários e muitas outras formas de vida.
A teoria principal é que um asteroide ou cometa atingiu perto do que hoje é Chicxulub, México, liberando enormes quantidades de calor, poeira e gases na atmosfera. A resultante disrupção climática global tornou a sobrevivência impossível para muitas espécies.
Amonites estavam entre as muitas criaturas marinhas que pereceram. No entanto, seus parentes próximos, os Coleoidea, sobreviveram e diversificaram-se em cefalópodes modernos como polvos, lulas e chocos.
A extinção foi global em escala e afetou organismos marinhos e terrestres de diferentes formas, mas a perda de amonites marcou o fim de uma linhagem que prosperou por centenas de milhões de anos.