Superexploração: Peixes-boi já foram caçados por carne, óleo e couro. Caça ilegal ainda ocorre apesar de proteções legais.
Perda de Habitat: Peixes-boi vivem em águas quentes e rasas como estuários, rios e baías. Desenvolvimento humano, poluição e mudanças climáticas destroem ou degradam esses habitats.
Acidentes com Embarcações: Peixes-boi de movimento lento são frequentemente mortos em colisões com barcos.
Emaranhamento: Equipamentos de pesca, cordas e detritos podem emaranhar peixes-boi, causando ferimentos ou morte.
Poluição: Produtos químicos e fertilizantes contaminam a água, adoecendo ou matando peixes-boi.
Maré Vermelha: Florescências algais nocivas produzem toxinas mortais, e essas florações estão se tornando mais frequentes e severas devido às mudanças climáticas.