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Uma truta arco -íris respira ao absorver oxigênio através de suas brânquias. Gills são estruturas especializadas localizadas nas laterais da cabeça e usadas para respiração. Cada brânquias consiste em uma série de filamentos finos e de penas chamados filamentos de brânquias, que são cobertos por pequenos vasos sanguíneos. A água é desenhada para a boca e sobre as brânquias, e o oxigênio na água é absorvido pelos vasos sanguíneos nos filamentos em branqueamento. A água é então expulsa através das fendas em branqueadas.
Além de absorver oxigênio, as brânquias também ajudam a excretar dióxido de carbono, que é um produto residual da respiração. O dióxido de carbono é liberado na água à medida que o sangue flui através dos filamentos em branqueados.
As brânquias de uma truta arco -íris são muito eficientes na absorção de oxigênio da água. Isso ocorre porque os filamentos em branqueamento são muito finos, o que permite uma grande área de superfície para a absorção de oxigênio. Os vasos sanguíneos nos filamentos em guelra também estão muito próximos da superfície dos filamentos, o que permite a rápida difusão de oxigênio no sangue.