O reino animal é subdividido em seis categorias: aves, peixes, anfíbios, insetos, mamíferos e répteis. A maioria das pessoas está familiarizada com répteis como crocodilos, glamorizados como bestas selvagens do interior por séries de TV populares como "Crocodile Dundee" e "The Crocodile Hunter". No entanto, a família dos répteis consiste em uma gama muito mais ampla de criaturas do que apenas crocodilos e jacarés. Com exceção de algumas espécies raras, todos os répteis respiram ar, botam ovos e têm pele coberta de escamas. Embora algumas espécies de répteis tenham evoluído para usar outros métodos para auxiliar na respiração, todos os répteis têm pulmões, que são sua principal fonte de respiração.
Répteis são divididos em quatro ordens: Crocodilia, Sphenodontia, Squamata e Testudines. Crocodilia, como o nome sugere, consiste em mais de 23 espécies de crocodilos, gaviais, jacarés e caimans. Squamata são um grande grupo de animais reptilianos consistindo de lagartos e cobras. Sphenodontia são um grupo menor de répteis consistindo de duas espécies, incluindo um réptil semelhante a lagarto da Nova Zelândia, chamado tuatara. Testudines classificam tartarugas e jabutis. Todos os répteis respiram usando pulmões, porém a maioria varia em seus métodos de respiração e métodos secundários de troca gasosa.
Todos os répteis usam pulmões para respirar, mas certos tipos evoluíram para desenvolver métodos secundários de assistência respiratória.
A respiração em tartarugas é sistematicamente bastante complexa. Os pulmões de uma tartaruga estão ligados ao topo do casco rígido, o que não permite muito espaço para expansão durante a inalação. Embora a fonte primária de respiração da tartaruga venha dos pulmões, elas adaptaram métodos para contornar suas próprias limitações. Algumas tartarugas têm uma camada de músculo que envolve os pulmões. Este músculo contrai, permitindo que tartarugas respirem enquanto descansam. Algumas tartarugas puxam seus membros para dentro do casco para empurrar o ar para fora dos pulmões e inalam quando protraem os membros. Tartarugas inalam grandes quantidades de ar e armazenam ar nos pulmões, em vez de respirações curtas como humanos. Por esta razão, conseguem ficar longos períodos entre respirações. Tartarugas aquáticas evoluíram para modificar seu sistema respiratório ao longo do tempo. Têm pele mais permeável que a maioria dos outros répteis escamosos, permitindo alguma troca gasosa. Armazenam oxigênio na cloaca, órgão encontrado em todas as aves, répteis e anfíbios.
Escamados usam músculos que ficam ao longo das vértebras para ventilar os pulmões. Este é o mesmo músculo que permite aos escamados se mover. Por esta razão, escamados devem prender a respiração ao se mover, porém algumas espécies usam músculos no assoalho da boca para respirar enquanto em movimento.
Crocodilos podem ser mais semelhantes a humanos do que se pensa. Eles têm um diafragma, muito similar ao de um mamífero. No entanto, a estatura dos crocodilianos causa mais dificuldades na respiração, pois há menos espaço para expansão pulmonar. Crocodilianos respiram puxando o músculo púbico para trás e baixando o fígado para fazer espaço para os pulmões expandirem.
A maioria dos répteis tem palato secundário, que permite respirar enquanto engole alimento. Crocodilia também têm palato secundário, que lhes permite continuar respirando por longos períodos de tempo, enquanto debaixo d'água.