Répteis vivem na maioria dos habitats do mundo, exceto regiões muito frias. Podem ser encontrados em todos os tipos ambientais, dos desertos aos oceanos.
Existem muitos répteis que vivem em habitat desértico. Área desértica é caracterizada por dias quentes e noites frias. Por serem de sangue frio, são mais facilmente capazes de se adaptar a extremos de temperatura. Animais desérticos típicos incluem cobras como cascavel e cobra-rei. Monstros-de-Gila (Heloderma) e outros lagartos cornudos também são encontrados no deserto.
Pastagens compõem habitat ideal para répteis, já que vegetação atrai roedores e insetos que compõem presas dos répteis. Nas pastagens, pode encontrar cobras-de-jardim (Thamnophis sp.) e cobras-rato como a cobra-raposa (Elaphe vulpina).
Répteis também habitam florestas temperadas decíduas. Aqui temperatura é moderada com chuva anual entre 50 e 200 cm por ano. Espécies típicas encontradas aqui são cobras-rato (Elaphe sp.) e jabutis-de-caixa (Terrapene sp).
Alguns répteis vivem em pântanos ou são encontrados perto de corpos d'água. O jacaré-americano (Alligator mississippiensis) é bom exemplo de tal animal. Tartarugas-de-orelha-vermelha e tartarugas-de-pente são outros exemplos de répteis que fazem lar em e perto de corpos d'água. Certas cobras, como cobra-de-lama e cobra-d'água, também fazem lares aqui.
Répteis também vivem em habitats marinhos. Alguns residem à beira-mar, e viajam dentro e fora do oceano como iguana-marinha (Amblyrhynchus subcristatus) e crocodilo-de-água-salgada (Crocodylus acutus). Algumas espécies de répteis ficam no oceano, e só saem quando é hora de botar ovos. Estas incluem tartarugas marinhas e cobras marinhas (Pelamis platurus).