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Muitas raças puras têm condições médicas prevalentes. O Cão da Montanha Bernês é propenso a várias condições genéticas.
Displasia de quadril e cotovelo, condições que causam deterioração nas articulações, são conhecidas na raça. Sinais incluem mancar, dificuldade para levantar e dor na área articular.
Histiocitose maligna são tumores malignos encontrados em 25% da população de Cães da Montanha Bernês. Esses tumores infiltram pulmões, linfonodos, medula óssea, baço e fígado. É um câncer agressivo de disseminação rápida.
Dilatação gástrica, ou GDV, é condição com risco de vida onde o estômago enche com ar engolido e pressiona outros órgãos e o diafragma. Torção é quando o estômago gira durante a dilatação, cortando o suprimento sanguíneo ao estômago.
Atrofia progressiva da retina é distúrbio hereditário que causa degeneração progressiva da retina; os olhos são geneticamente programados para ficarem cegos. Não há cura.
Doença de Von Willebrand é distúrbio que interfere no fator de coagulação do sangue. Leva a sangramento excessivo após trauma ou cirurgia, e pode causar sangramento interno, gengivas sangrantes e sangue na urina.